在预算执行审计中不仅要高度关注预算执行过程中的问题，更要关注预算编制环节存在的问题，从预算管理的整个过程来看，预算编制是预算管理的核心和灵魂，是建立现代预算管理制度的基础和关键，它决定着党委政府施政方针政策和目标能否顺利实现。因此，在实施预算执行审计时应抓住预算编制这个“牛鼻子”。
一要关注预算的合法性，主要是预算编制的依据、内容、方法、程序等是否符合党的路线、方针、政策和重大决策部署，是否符合相关法律法规、政策文件规定，项目预算是否纳入中期财政规划和项目库管理，地方各级预算是否遵循了“量入为出，收支平衡”的原则，是否符合各级人大常委会关于加强预算审查监督的规定等。
二要关注预算的客观性，既要审查基本支出预算的基础数据的客观性，更要核查项目支出预算编制依据的真实性，主要体现在项目立项方面，如上级政策规定、调研论证报告、项目立项书、党委政府的中心工作、领导班子集体决策会议纪要、本地客观事实与需求的评价分析、人民群众的期盼等。
三要关注预算的准确性，主要包括基本支出预算数据计算的基础和标准是否正确，是否制定出台了基本支出预算标准定额；项目支出预算确定的规模和保障标准是否科学合理，是否制定出台了分行业分领域分地区的项目支出预算标准定额，是否遵循了积极稳妥的原则，项目数量的确定是否合理可行，项目支出预算的计算是否科学准确，揭示是否存在拍脑袋、凭意愿编制预算，可参考上年度预算与决算的差异性来挖掘存在的问题，特别关注预算支出规模是否与财力的可承受能力相匹配。
四要关注预算的衔接性，主要是本年度的预算编制是否与上年度的预算执行紧密结合，一般公共预算是否与政府性基金预算、国有资本经营预算相衔接，一般公共预算与社会保险基金预算相适应，做到既充分参照上年度预算执行情况和结果，又全面考虑预算年度的政策和实际情况的变化，若两个年度预算变化过大或不同类别预算之间差距异常，应查找原因并深入分析其合理合法性。
五要关注预算的绩效性，主要是预算绩效评价工作的开展是否符合法律、法规和党中央、国务院的决策部署，预算绩效评价结果是否与下年度预算安排挂钩和作为调整完善相关政策的重要依据，是否落实奖优罚劣制度，是否建立项目绩效评价结果公开机制；对未实行预算绩效评价的项目应查明原因并分析其合理性和客观性，揭示预算编制过程中存在的预算编制基础不真实、计算标准选取不正确、虚假预算、赤字预算等违反《预算法》的行为，对采用编制虚假预算、多编预算等手段骗取、侵占、滞留预算资金的行为依法依规追究责任，违法犯罪的依法追究刑事责任。
